Las familias sufrieron un "error sin precedentes", decidieron los diputados holandeses, con funcionarios fiscales, políticos, jueces y funcionarios públicos dejándolos impotentes.
Muchos de los afectados eran de origen inmigrante y cientos se vieron sumidos en dificultades financieras.
El señor Rutte presentó la dimisión del gabinete al rey.
"Se ha criminalizado a personas inocentes y se les ha arruinado la vida", dijo luego a los periodistas, y agregó que la responsabilidad de lo que salió mal recae en el gabinete. "La pelota se detiene aquí".
La decisión "unánime", tomada en una reunión de gabinete en La Haya, llega en un momento clave de la pandemia Covid-19.
Los Países Bajos se han cerrado y los ministros han estado considerando medidas más estrictas para detener la propagación de la infección.
El gobierno se mantendrá en un papel interino para enfrentar la pandemia hasta las elecciones parlamentarias en marzo, pero el ministro de Economía, Eric Wiebes, renunció con efecto inmediato por su papel en el escándalo. Cuando se le preguntó si la renuncia del gabinete era meramente simbólica, Rutte insistió en que no lo era.
Esta no es la primera vez que un gobierno holandés renuncia en masa en un gesto de responsabilidad colectiva. En 2002, el gabinete se retiró después de que un informe criticara a los ministros y al ejército por no haber evitado la masacre de musulmanes en Srebrenica durante la guerra de Bosnia siete años antes.